fund_indicesは銘柄の基準価額、純資産や分配金の履歴テーブル、巨大なテーブルです。
やりたいことは重複なしでランダムで３銘柄IDを抽出したい。fund_idじゃなくidはプライマリーキーです。
fund_idは重複している。データ全部で280万くらい。

id	fund_id	as_of_date	value
1	529	20111130	5394
2	529	20111129	5384
3	529	20111128	5323
4	529	20111125	5312
5	529	20111124	5312
6	529	20111122	5366
7	529	20111121	5397
8	545	20111129	5374
9	545	20111128	5373
10	545	20111125	5372
11	545	20111124	5312
12	545	20111122	5376
13	545	20111121	5377
...	...	...	...

mysqlのorder by rand()を使ったが、凄く遅い！なんと1分もかかります。

sql> select distinct fund_id from fund_indices order by rand() limit 3;

fund_idを絞るサブクエリを入れると凄く早くなった

sql> select fund_id from (select distinct fund_id from fund_indices) order by rand() limit 3;
表示中の列 0 - 2 (~31 合計, クエリの実行時間 0.0495 秒)